İnsanlığı yok etmeye çalışan Melekler adlı canavarca yaratıkların sürekli saldırısı altında olan U.N. Özel Ajansı NERV, Tokyo-3 şehrini savunmaya yardımcı olmak için iki yeni EVA pilotu tanıtıyor: gizemli Makinami Mari Illustrous ve yoğun Asuka Langley Shikinami. Bu arada, Gendo Ikari ve SEELE, hem Rei hem de Shinji’yi içeren gizli bir projeye devam ediyor.