Bölüm II ve III arasında geçen Klon Savaşları, ilk bilgisayar animasyonlu Yıldız Savaşları filmidir. Anakin ve Obi Wan, Hutt Jabba’nın oğlunu kimin kaçırdığını bulmalı ve onu sağ salim geri vermelidir. Ayrılıkçılar onları durdurmak için her şeyi deneyecekler ve Huttlar ile Cumhuriyet arasında diplomatik bir anlaşma şansını mahvedecekler.